口腔疱疹多是由于感染了单纯疱疹病毒所致，故在治疗上主要以抗病毒治疗为主，可以口服的药物有抗病毒口服液、板蓝根颗粒、更昔洛韦、阿昔洛韦等药物。在口腔局部起疱的部位，可以局部涂抹阿昔洛韦软膏进行抗病毒治疗。如果口腔内的水疱已经破溃，出现了红肿的糜烂面，建议采用具有消炎功能的漱口水漱口预防感染，比如可以采用聚维酮碘含漱液或替硝唑溶液进行漱口。
对于患有口腔疱疹的患者，除了进行抗病毒治疗之外，还要充分休息，在饮食上要以清淡、温软的食物为主，要多喝水，要保证充足的睡眠，增强机体的免疫功能。