手足口病大多数是一个自限性疾病，症状比较轻微，也有极少数的患者可能会伴有多种并发症，极少数的重症病情进展很迅速，可能会发生死亡等严重的病例出现，这是跟手足口病感染的病毒不同有关系。因为可以引起手足口病的一般常见于两种病毒：一种是柯萨奇病毒；另一种是EV71病毒。
一般由柯萨奇病毒感染的手足口病，通常临床症状比较轻微，可以伴有轻度的发烧甚至不发烧，在手掌、足底、口腔等部位出现疱疹，一般一周左右可以自愈。而由EV71病毒感染引起的手足口病，多数可以出现并发症，甚至可以出现危重症病例，引起死亡的情况。