儿童肠炎使用抗生素要明确肠炎导致的原因，如果是细菌感染引起的儿童肠炎，一般建议使用三代头孢类抗生素，而不能使用喹诺酮类抗生素，如头孢他啶等。
抗生素使用采取的原则是能口服不肌注，能肌注不静点，一般先用口服药物进行治疗，如果口服药无效才选择静脉输液给药的方式。
儿童肠炎也可以对症使用如思密达或蒙脱石散这类药物，进行止泻的对症治疗。但是当儿童出现肠炎的症状以后，就建议及时的进行治疗。