肌酸激酶首先以骨骼肌、心肌、平滑肌含量为多，其次是脑组织，胃肠道、肺和肾含量较少。肌酸激酶主要存在于细胞质和线粒体中，是与细胞内能量运转、肌肉收缩、ATP再生有直接关系的重要激酶。
肌酸激酶的活性测定可以用于骨骼肌疾病，及心肌疾病的诊断。
临床上，肌酸激酶的增高有重要的临床意义，比如剧烈运动后可出现肌酸激酶明显升高，肌肉的损伤会出现肌酸激酶明显升高，急性心肌梗死、病毒性心肌炎也可出现肌酸激酶的升高，肌肉疾病以及甲状腺功能减低可出现肌酸激酶升高。
肌酸激酶的降低可见于甲状腺功能亢进症，有报道甲状腺功能亢进的患者服用甲巯咪唑，有引起肌酸激酶升高。