自身免疫性脑炎主要是由于自身免疫性抗体功能异常，对于脑部功能出现了攻击，从而出现脑部症状的异常。其恢复期要根据患者的具体病情以及治疗方案来决定，最佳恢复期大约是1-3个月，不同类型的自身免疫性脑炎的恢复情况也不尽相同。
总体来说，自身免疫性脑炎预后良好，80%左右的抗NMDAR脑炎患者恢复良好，患者越早期接受免疫治疗，早期非重症患者的预后较好。如果是重症的抗NMDAR脑炎患者，平均的恢复期是1-3个月，少数患者的恢复需要两年以上，抗LGI1抗体相关脑炎的恢复时期大约是2-3个月。抗GABABR抗体相关脑炎合并小细胞肺癌患者预后较差，患者可能在发病的半年或一年之内死亡。另外，自身免疫性脑炎还有可能出现复发，如果自身免疫性脑炎患者，症状好转或者稳定两个月以上，重新出现症状或者症状加重，则视为复发。一般抗NMDAR脑炎的复发率大约是12%-30%左右，可以单次复发或多次复发，复发的平均间隔时间大约是5个月，一般复发时病情较第一次发病的时候要轻，肿瘤阴性的患者和没有应用二线免疫治疗的患者复发率较高。
平时在饮食上可以多吃蔬菜、水果、鱼类、瘦肉、鸡蛋等，要避免吃刺激性、辛辣等食物。同时要避免做剧烈运动，但是可以做有氧运动，在发烧时一定要及时到医院神经内科或感染科就诊。
