龟头炎患者最好是查明致病菌，根据感染原治疗效果较好，常见感染原有细菌、滴虫、霉菌、真菌、支原体、衣原体等。对于细菌所引起的龟头炎可以使用相应的杀菌洗剂，起到消炎杀菌的作用，常见有复方黄柏液或者高锰酸钾溶液等，清洗干燥后局部涂抹红霉素软膏3-5天左右症状即会缓解。
对于真菌导致的龟头炎，可以在局部清洗后涂抹达克宁，一周左右症状会得到缓解，而对于衣原体或支原体感染，可以通过口服大环内酯类、头孢类或喹诺酮类抗生素等药物进行治疗，如阿奇霉素、头孢地尼、左氧氟沙星等。
龟头炎在治疗期间要注意外生殖器官的清洗，保持局部干净清洁，坚持用药，以免急性炎症转化为慢性炎症。治疗期间饮食上以清淡为主，忌辛辣、刺激性食物，防止减轻药物疗效。