当患有皮下囊肿时，如局全部没有伴发炎症感染，可以通过挤压把囊肿挤破，然后被组织吸收从而使囊肿消失。但是皮下囊肿挤破吸收以后，囊肿壁还存在并没有消失，经过一段时间以后还容易再次复发。
如果局部伴有炎症感染，就不能自行挤压，防止炎症感染扩散。当患有皮下囊肿时，还是建议到医院去治疗，可以通过在局麻下手术切除根治，手术比较小，直接在门诊就可以治疗。
也可以使用注射器刺入囊肿，抽出囊肿内的液体以后，再注射硬化剂药物治疗。治疗后要注意局部消毒处理，保持局部卫生，防止并发细菌感染。