碎石对肾脏还是有一定的影响，碎石可以分为体外震波碎石和经皮肾镜碎石几种方法。体外声波碎石虽然看上去非常微创，但是如果在肾脏同一个位置碎石超过两次以上，会对肾脏造成不可逆的影响。
另外，经皮肾镜碎石术需要在肾脏上留出一个通道，也就是类似于在肾脏上钻一个孔，所以会引起肾脏实质出血，因此对肾脏功能也有一定影响，但是这种影响相对比较小，而且在几个月之后就能完全恢复。