羊水感染的新生儿疾病是否严重，要根据羊水中所带的致病菌而定，有的严重，有的不严重，具体如下：
1、不严重：羊水Ⅰ-Ⅱ度污染的新生儿发生感染，往往症状比较轻，在一周之内大部分都可以治愈。
2、严重：羊水Ⅲ度污染，导致新生儿发生严重的胎粪吸入综合征，可以导致新生儿发生严重的肺部炎症，合并肺气漏、肺气肿、气胸等表现，甚至会继发新生儿呼吸窘迫综合征，导致的新生儿疾病就比较严重，可能要进行呼吸支持治疗。有时候会合并持续的肺动脉高压，使新生儿发生严重的低氧血症，往往治疗都比较棘手。污染的羊水中有一些耐药菌，如大肠埃希氏菌、耐药的金黄色葡萄球菌或者肺炎克雷伯菌，也容易导致新生儿发生严重的感染，从而导致新生儿的疾病相对比较严重。