粘液腺囊肿一般采取的是手术切除治疗的方法，如果不能够确诊，可以进行病理检验。手术切除的方法通常首先需要进行局部麻醉，并且消毒，彻底消毒以后进行切开，常做的是梭形切口。将嘴唇内的黏膜切开以后，暴露出肿大的粘液腺腺体，摘除部分腺体并且完整的摘除粘液腺囊肿，去除泡壁，然后再进行缝合治疗。
缝合以后再进行消毒，保证口腔内没有细菌感染，同时建议患者适当的使用漱口水，例如复方替硝唑溶液或者重组人表皮生长因子，同时建议适当的口服消炎药，比如头孢、阿莫西林等。如果有过敏，可以使用红霉素，一般情况下疼痛较重，可以口服止痛类的药物，例如洛索洛芬钠或者对乙酰氨基酚等。