电子肛门镜检查的目的是为了发现肛门是否有痔疮、炎症、息肉、肛瘘等可疑情况，一般当病人出现排便困难、便后滴血、排便时疼痛等一系列症状时，建议可以到医院肛肠科或者消化内科就诊。手术的前一天需要给予清洁肠道处理，然后给予检查肛门内镜。
电子肛门镜检查时一般病人采取侧卧位，医生会先行直肠指诊，涂抹凡士林或者石蜡油润滑肛门，避免出现肛门处黏膜的创伤，然后再将肛门的电子内镜缓慢的注入肛门内。通过显示屏来观察肛门内的情况，检查全程需要由消化内科专科医师操作。