小便颜色变黑的原因可能是泌尿系统的出血、急性溶血反应与过敏，或者其他内部因素感染引发性状的改变。
泌尿系统出血会使血液长时间的滞留在膀胱内，血液中的血红蛋白又容易自身硫化，从而把正常颜色的尿液染黑，使其排出体外时颜色发生改变。
当发生急性溶血反应时尿液会有明显的性状学改变，主要是因为输血或者急性过敏所导致，如果严重需要进行透析治疗。
在出现尿液黑色改变前有其他疾病，比如肛瘘、直肠尿道瘘，会使肠道内的污染物进入尿道，长时间存留和堆积后会污染尿道，使尿液中混浊物增多发生沉淀造成尿液变色。