在脑梗的急性期，急性发病4.5小时之内可以考虑使用阿替普酶这一类静脉溶栓的药物，这一类药物的作用最强，但是有一定的时间限制。在此发病之后，根据脑梗的机制，是动脉粥样硬化性，还是其他的心源性栓塞，选择抗血小板类的药物，比如阿司匹林、氯吡格雷等，或者是抗凝的药物，比如利伐沙班、达比加群等等，也可以选择华法林。
再有是治疗合并症的药物，不论血脂是否升高，使用他汀类的降脂药都是可以获益的，就是控制血脂。再有控制血糖，包括一些降糖药物、胰岛素等等，还有控制血压的降压药物，在急性期也可以使用一些改善脑灌注的药物，静脉输注促进脑血管侧支形成的药物或者是活血、改善脑神经功能的药物，根据脑梗的病因，再选择一些非常细的治疗疾病的药物，如果是血管炎导致的，可能会使用激素或者免疫抑制剂，如果有血液系统的异常、血液成分的异常，这个时候可能会采用一些其他的方式，来减少这些血液成分，治疗脑梗。