男性尿道疼痛伴有流脓属于泌尿系感染，所服用的药物主要包括以下两个方面：
第一、针对尿道疼痛可以口服布洛芬、双氯芬酸钠等进行止痛治疗；
第二、患者需要进行尿常规、彩超、细菌培养、药敏试验等检查，根据检查结果选择合适的抗生素进行处理。临床上常用的抗生素有青霉素、头孢菌素，喹诺酮类消炎药如左氧氟沙星、莫西沙星等。患者在药物治疗的同时需要多饮水、多排尿，对脓液进行冲刷，减轻患者的症状，缩短治疗的周期。