社区获得性肺炎的鉴别主要是和类似的感染性疾病做鉴别，社区获得性肺炎是来源于社区或者家中，不存在在医院居住或者养老院居住的情况。出现这种肺炎，区分社区获得性肺炎和医院获得性肺炎的目的主要是两种肺炎感染的病原微生物不太一样，社区获得性肺炎大部分是由革兰氏阳性球菌或者支原体等非典型病原微生物感染为主的。
医院获得性肺炎主要是革兰阴性杆菌感染为主的，所以对于医生根据经验来用药有很好的指导意义。社区获得性肺炎的鉴别主要是跟结核病还有真菌感染引起的肺部炎症，还有肺癌、血管炎引起肉芽肿等进行相应的鉴别，需要结合影像学及血液辅助检查综合来进行判断。