不同的代谢病治疗的方法也有所不同，大多代谢病缺少根治的方法，具体如下：
1、针对糖代谢紊乱导致的糖尿病，比如1型糖尿病，主要采用替代的方法，通过注射胰岛素，以补充胰岛β细胞分泌胰岛素不足，比如高乳酸血症，可以通过减少由于酶缺陷而引起的底物聚积，使用无高乳酸的食物来进行治疗。
2、针对肾小管酸中毒所导致的低血钾和高氯性酸中毒，可以采用碳酸氢钠来纠正酸中毒，并补充枸橼酸钾。
3、针对酯代谢紊乱导致的高胆固醇血症，可以给予他汀类药物进行治疗。