有病毒性结膜炎首先可进行抗病毒治疗，一般可使用抗病毒眼药，如干扰素滴眼液，0.1%的碘苷眼药水，0.1%的利巴韦林眼药水，4%的吗啉胍滴眼液等。患有病毒性结膜炎多合并细菌感染，要加用抗菌素眼药水，例如左氧氟沙星滴眼液或妥布霉素滴眼液等。如果有上皮下角膜炎引起视力下降，可加用激素眼药水。另外采取必要的措施减少感染的传播，应告知患者避免接触眼睑和泪液，经常洗手，当出现感染时尽可能避免人群之间的接触，可以对局部冷敷和使用血管收缩剂减轻症状。