卵巢囊肿3cm，在临床上不严重，有可能是生理性囊肿。如果是生理性囊肿，绝大部分发生在月经的后半期，在月经干净以后，绝大部分会自行消失或者是明显的缩小。如果是病理性的囊肿，建议在临床上密切观察，并且可以抽血检查妇科肿瘤三项，主要是排除是否有Ca125增高，排除巧克力囊肿的可能性。另外也要了解是否有恶性的卵巢囊肿存在，所以要抽血检查妇科肿瘤三项，根据结果临床上再给予相应的处理。如果是卵巢巧克力囊肿，建议在临床上尽快的给予治疗。因为巧克力囊肿病人往往会伴有痛经，并且在手术之后要继续用达菲林治疗。