药物流产的副作用一般要比人工流产要小，可能会有恶心、呕吐的症状，但是药物流产也有一定的风险，比如药流失败或者药流残留的可能。如果药流失败或有残留，可能还需要做清宫术。清宫手术可能会有一定风险，比如手术出血、子宫内膜损伤的风险。
此外，药流之后，阴道的出血时间要比人流长。由于出血时间长，会导致流产后的贫血，还有导致感染的可能，所以吃完药两周后要到门诊复查，看是否已经排净。在药流结束之后，要采取比较合理的避孕方式，尽量避免频繁流产对身体造成损害。不管是药流或人流，都可能会有一些后遗症和并发症。