肾囊肿女性的患病率要低于男性，女性的症状表现与男性却相似，大多数人通常没有症状，多数是因为健康体检或者是其他疾病做影像学检查偶然发现，少数人达到可以触及的囊肿。最常见的自觉症状是患侧肾区的疼痛，往往是隐痛或者钝痛，囊内出血或者继发感染的时候疼痛会加剧。
部分患者也可能会出现血尿或者蛋白尿，6.4%的患者可能出现肉眼血尿，40%的患者可能会出现镜下血尿，12%的患者有可能会出现蛋白尿，血尿或者蛋白尿的程度与囊肿的大小无关，囊肿会随着病程延长而逐渐增大，速度不定。通常比较缓慢，如果增大比较迅速，要注意囊内出血或者是癌变成囊性肾癌。