功能性腹痛主要表现为腹部有明显疼痛，但查体与病人的表情明显不一，当患者注意力分散时疼痛可明显减轻。而腹部有明显病变时，例如右上腹疼痛，常见于胆囊炎及胆囊结石，患者可表现为右上腹持续或间歇性疼痛，查体为右上腹的压痛，可伴有反跳痛及肌紧张，墨菲氏征阳性，一般不随患者的精神分散而减轻症状。
右下腹疼痛常见于急性阑尾炎等疾病，例如可以有右下腹的压痛，伴有反跳痛及肌紧张，甚至可触摸到包块。而泌尿系统疾病常有肾区的叩击痛，同时腹部外侧可有轻度压痛。这些疾病通过查血常规、腹部彩超或者是腹部CT会有一定异常的改变，而功能性腹痛一般无明显的异常变化。