隐匿性阴茎通常不容易自动长好，隐匿性阴茎是一种阴茎的先天性发育畸形，是由于多方面的因素或发育异常而形成。因此，以往认为的单纯应用内分泌治疗，或者进行单纯的减肥治疗，即可以治愈隐匿性阴茎的说法不正确。研究发现，阴茎海绵体被长期包埋在皮下组织中，可以导致海绵体组织结构发生改变，表现为海绵体平滑肌成分减少，而胶原成分增多。因此，为了彻底治愈隐匿阴茎，而不影响以后的阴茎发育，应该早期进行手术。
目前大多数学者也认为隐匿性阴茎自愈并不是经常发生，患者存在反复的包皮阴茎头炎、包茎，导致阴茎清洁困难，若不早期施行手术治疗，会影响到阴茎的发育，造成生理和心理上的障碍。有资料显示，许多男孩在青春期前就开始关注其外生殖器，即使会自愈的患者，在等待过程中也会发生情感障碍。因此，为了避免对性心理产生不利影响，最好在学龄前手术。