注射用复方骨肽主要危害，或副作用是患者会出现发热或者皮疹。少数病人会出现对复方注射骨肽的过敏，引发全身性荨麻疹，引起发热的表现。
出现这种情况时，患者要积极进行抗过敏治疗。同时应停止使用复方骨肽，可以立刻解决问题。另外，对于肾功能不全的患者禁止使用此药，因为骨肽需要通过肾脏代谢，如果肾功能不全时使用复方骨肽容易引起肾脏衰竭。