呼吸性酸中毒和代谢性碱中毒可以单独存在，在慢性呼吸道疾病末期发生呼吸衰竭的时候，容易出现呼吸性酸中毒。而慢性代谢性疾病、肾脏疾病，发生酸碱平衡失调的时候，容易出现代谢性碱中毒。
临床上呼吸性酸中毒和代谢性碱中毒可以同时出现，它们的区别主要就看是否为原发性呼吸道疾病，或者原发性肾脏疾病。如果是呼吸道疾病引起的酸碱平衡失调认为属于呼酸，如果是代谢性疾病、慢性肾脏疾病引起的，认为属于代碱。
它们的临床表现基本相似，容易出现神志异常、咳痰不畅、胸闷、气短、呼吸困难、腹胀、小便量少，所以具体的鉴别，仍然需要依赖于动脉血气分析。