前列腺增生患者除了药物治疗和手术治疗，也存在一些其他的微创治疗方式，微波治疗是其中的一种。经尿道微波治疗是将微波发生探头插入尿道，使微波辐射至于前列腺中央为止，在治疗前列腺增生时多采用这种途径。一般治疗选用超过45℃的高温疗法，低温治疗属于理疗范畴，效果差，不推荐使用。
微波治疗可部分缓解前列腺增生患者的尿流率和下尿路症状，适用于药物治疗无效，不愿意长期服药而又不愿意接受手术的患者，以及伴有反复尿潴留而又不能接受外科手术的高危患者。微波治疗前列腺增生效果欠佳，五年后再治疗率高达84.4%，其中药物在治疗率高达46.7%，手术再治疗率为37.7%。因此，目前不作为一个主流的前列腺增生治疗方案。