肛门脓肿和囊肿是两个截然不同的疾病，这两个疾病有如下区别：
1、这两个疾病的形成原因不同，肛门囊肿多数是在胚胎发育期的时候，就由于发育出现异样而形成的，而肛门脓肿就和囊肿不一样了，多数是由于肛线出现了感染，从而诱发了感染性疾病。
2、肛门囊肿初期阶段基本上没有症状，而肛门脓肿发病周期比较短，而且症状比较明显和严重。
3、两者的表现不一样，肛门脓肿一般会出现局部的疼痛、发热、发红，以及炎症变化，严重者还会出现发烧、穿刺等症状，而囊肿一般没有明显的疼痛感，而且患处的表面相对光滑，边界比较清晰。
以上就是肛门囊肿和脓肿两者间的主要区别。