神经性头痛的原因有以下几个方面：
一、睡眠不足，长期失眠、熬夜的人患神经性头痛几率较高。睡眠对人的精神状态及身体素质影响很大，大脑在得不到充分休息的情况下，长期处于疲劳状态很容易头痛。
二、疾病，部分疾病也会引起神经头痛，如颅内损伤、炎症、肿瘤压迫血管、脑膜受到刺激等，都会刺激神经引发头痛，另外鼻腔、耳部、颈部、眼部病变，也会有扩散性的影响，头部诱发神经性头痛。患其他疾病的患者，疾病本身的疼痛也会诱发头痛，如枕大神经痛、肿瘤部位的疼痛、鼻窦炎等，睡眠充分、精神状态较好，突发或常出现神经性头痛的患者，及时到正规医院进行头颅核磁共振检查，以排除无内器质性病变。
三、颈肩部肌肉软组织损伤，肌肉长期处于紧张的状态，会导致局部缺血、缺氧，产生很多炎症介质，会刺激神经产生头痛的症状。
四、有专家认为神经头痛，与大脑皮层、丘脑和脑干等部位的功能变化有关，会导致机体的痛觉阈值下降。
五、与患者的心理有关，如长期压力比较大、长期焦虑、抑郁、紧张，也会导致神经性头痛。