生理性囊肿在下次月经干净后会自动消失，前后大概持续4周的时间。卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿，生理性囊肿主要与体内激素的变化有关。
大小常在2-4厘米之间，最多不超过5厘米，随着下次月经来潮体内激素水平变化，月经结束后生理性囊肿会自行消失。
有生理性卵巢囊肿的患者建议每年复查一次B超，以便检测是否有生理性囊肿复发，如果卵巢囊肿大小超过5厘米考虑是病理性囊肿，一旦确诊为病理性囊肿建议尽快通过手术的方式将囊肿切除。
卵巢囊肿切除手术常用的方式以卵巢囊肿剥除术为主，需要根据囊肿的大小以及是否有生育要求来制定手术方案。