引起射精疼痛最常见的原因，包括器质性、功能性和心理性三个方面，器质性原因中最常见于精道的炎症，比如最常见的前列腺炎、精囊炎，另外附睾炎、精阜炎、后尿道炎等，射精时的肌肉收缩也可以引起疼痛，后尿道结石、尿道狭窄、排精受阻也可以引起疼痛，射精管出现结石梗阻或者先天性梗阻也容易造成射精疼痛。
功能性射精疼痛主要是由于性生活或者手淫次数过于频繁，尤其是白天性生活以后会阴部或者阴囊内有时会出现酸痛，还有心理性，一些人因为性格或者是性生活当中的失败经历或者工作、社会压力，造成了过于为射精好坏而焦虑，诱发了会阴部肌肉的痉挛性收缩，过于紧张，这是一种心理因素所造成的现象。另外，也有一些阴茎头部特别敏感，在手触动龟头的时候有一种疼痛感，应该说也与心理因素有一定的关系，还有些人可能是神经官能症状，注意力过于集中，所以容易造成疼痛。