婴儿灌肠的副作用主要有以下几个方面：
1、婴儿灌肠由于是直肠给药，如果操作的时候动作不熟练，可能会损伤局部的肠道黏膜，引起肠黏膜出血，从而引起血便，同时如果反复多次进行灌肠治疗，会导致孩子肠黏膜损伤，久治不愈，严重的可能会引起肠道溃疡，造成孩子体内营养物质丢失，引起孩子营养不良；
2、反复给予孩子肛门灌肠给药也会刺激肛门括约肌，引起肛门括约肌松弛，同时经常肛门给药，会影响孩子胃肠道功能，导致孩子胃肠功能紊乱、消化不良，引起腹胀、腹痛、腹泻等不良反应。