指甲分层断裂的原因分为内源性原因和外源性原因，内源性原因甲营养不良、蛋白质缺乏和钙的缺乏都会引起指甲的生长不良。除此以外，还有一些皮肤疾病，像扁平苔藓、银屑病也会累及指甲，表现为甲横纹、甲断裂等。
外源性原因，主要由于受到外力摩擦或机械性的撕拉，破坏甲板的生长所引起。尤其现在许多女性经常做美甲，也会造成甲板的损伤。当甲板损伤之后，指甲的远端就会出现分层和断裂。