药物是治疗脑炎的主要手段，不同类型的脑炎有不同的药物治疗。病毒性脑炎患者主要是服用抗病毒、退热、解痉的药物，比如阿昔洛韦或更昔洛韦抗病毒、双氯芬酸钠缓释片退热、丙戊酸钠缓释片抗惊厥治疗。结核性脑炎患者主要服用抗结核药物改善症状，常用的药物包括异烟肼、利福平、乙胺丁醇、吡嗪酰胺、链霉素、氧氟沙星等。化脓性脑炎患者主要服用强有力、容易透过血脑屏障的抗生素治疗，比如头孢曲松、美罗培南等。真菌性脑炎患者需服用抗真菌的药物，比如两性霉素B、氟康唑等。此外，各型脑炎共同拥有的症状，比如头痛、呕吐等颅高压表现，可口服呋塞米脱水降颅压、胃复安止吐对症治疗。