小指头关节疼痛，可由多种原因所导致，常见原因如下：
第一、外伤：外力作用可以导致骨或软组织损伤，例如外力打击，或者用手指戳到某固定物体时发生的挫伤，极有可能损伤小指头关节，导致小指头关节疼痛的临床症状，需要行X线、CT、核磁共振检查，以明确诊断。
第二、腱鞘炎：腱鞘炎是指小指屈肌腱周围的腱鞘组织，在劳累、着凉等因素的影响下，出现的无菌性炎症，导致手指活动受限，屈曲后很难伸直，伸直后在弯曲过程中又比较费力，容易出现弹响，又称之为弹响指畸形。先采取保守方式进行治疗，若保守治疗无效，再采取手术的方式进行处理。
第三、骨性关节炎：一般好发于中老年人群，由于退变等因素影响，指间关节间隙变窄，出现指间关节活动时疼痛的临床症状，一般会伴有晨僵，但是晨僵的时间小于30分钟，行影像学检查可以明确诊断。
第四、类风湿性关节炎：一般是侵袭小关节的滑膜组织，出现指间关节疼痛、肿胀、畸形、活动受限的临床症状。一般行实验室检查、影像学检查可以明确诊断。