乙型肝炎表面抗原阴性并不能100%排除乙肝感染，在绝大多数情况下，感染乙型肝炎病毒之后都会产生表面抗原。因此，根据表面抗原阳性诊断乙肝感染。但是表面抗原阴性不能排除乙肝感染的可能性，因为表面抗原是乙型肝炎病毒前S基因组表达的一种产物。当基因变异时就不能合成表面抗原，就出现了表面抗原的阴性。但是乙肝病毒DNA可以阳性，这个代表乙肝病毒复制的指标，阳性代表有乙肝的感染。这种表面抗原基因变异的情况在临床上非常少见，所以建议在查乙肝两对半的同时要检查乙肝病毒DNA定量，如果两个都是阴性的情况下才可以100%排除乙肝感染。