肾结石引起化脓性的感染可以被治愈，但需要住院治疗。同时可能会采用介入性的方法，比如经皮肾脏穿刺脓液抽吸引流，或者输尿管支架管植入来进行脓液的引流。先将脓液引流或者使用抗感染的药物，将化脓性感染治愈以后才能治疗结石。在合并有脓肿的急性感染期不能先处理结石，也不能采用体外冲击波碎石或者手术的方法，否则可能会导致局部的感染播散致全身感染，造成感染性休克或者造成脓毒血症等。住院治疗的周期大约为2-3周左右，根据患者的恢复情况来决定。抗感染治疗约为7-10天，等待感染完全治愈以后再进行结石碎石清石，结石碎石清石手术及术后恢复大约为1周左右。