性生活射精疼最常见于慢性前列腺炎，慢性前列腺炎病人由于感染性致病菌刺激前列腺部尿道黏膜，会导致黏膜水肿、糜烂，导致前列腺腺体炎性肿大，致病微生物还会沿输精管开口引起精液感染，导致精液发生炎症改变，病人在射精时会出现射精疼痛症状。
病人出现性生活射精疼痛症状时，需及时到泌尿外科或男科就医，通过精液细菌培养，通过精液支原体、衣原体培养，常常能找到致病微生物。通过选择有效的抗生素，如磷霉素氨丁三醇散，配合阿奇霉素治疗，多数病人性生活时射精疼痛症状会明显好转。