绝经后卵巢囊肿是否会消失与卵巢囊肿的性质有关，在绝经后会消失的卵巢囊肿，大多数是卵巢的生理性囊肿，卵巢生理性囊肿与卵巢分泌的激素水平波动有关，很多女性是在月经的后半期，出现附件区的无回声区，体检时发现的卵巢囊肿。
一般这种情况建议在2-3个月后，月经刚刚结束时，进行超声复查，如果卵巢囊肿缩小或者消失，就认为是卵巢生理性囊肿。也有一部分女性在绝经后，会出现卵巢囊肿消失的现象，这种情况也认为是卵巢的生理性囊肿。
大多数的卵巢囊肿在绝经后不会消失，但是卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是卵巢巧克力囊肿，也有可能在绝经卵巢功能衰退后，囊肿逐渐的吸收、减小，甚至消失。
因此对于女性的卵巢囊肿，需要进行定期的随访观察，对于不需要进行手术和药物治疗的卵巢囊肿，建议3-6个月进行一次复查，在绝经后要更加密切观察卵巢囊肿的生长情况。