男性生殖器长水疱如何消除，需要根据具体的病因来决定治疗方法。1、如果是过度刺激引起皮肤张力性的水疱，则建议使用碘伏溶液进行局部的消毒，水疱较大者可使用无菌的注射器抽出泡液，将疱液抽尽以后局部外贴敷料进行包扎，适度给予一定的张力预防疱液继续积攒而形成水疱，停止相关的刺激因素后，72小时左右水疱可消失。2、如果是因为疱疹病毒感染出现有生殖器的水疱，则建议局部外涂阿昔洛韦软膏少许，每日三次，连续外涂一周，并口服阿昔洛韦400mg，每日一次，连续口服一周。3、如果出现有局部的感染而出现水疱，则建议根据感染的病菌用药。如细菌感染建议外涂百多邦软膏少许，每日三次，继续外涂一周。如为真菌感染引起局部的小疱疹，则建议外涂咪康唑软膏少许，每日三次，连续外涂一周。