慢性萎缩性胃炎伴肠化的自愈的可能性比较小，虽然有可能会自愈，但可能性比较小。能不能自愈要看萎缩、肠化的程度，如果是轻度的萎缩加肠化，合并幽门螺杆菌感染，在清除幽门螺杆菌感染后，萎缩或者轻度肠化有可能逆转。如果是中、重度的萎缩加肠化，自愈的可能性比较小。但无论是何种情况引起的萎缩加肠化，都需要检测幽门螺杆菌，因为幽门螺杆菌感染和萎缩肠化有很大的关系。
如果萎缩性胃炎伴肠化，合并幽门螺杆菌感染，有发生癌变的几率，所以需要进一步检测这个细菌，如果有感染，需要进一步清除。清除需要口服四联药物14天，停药一个月后复查。如果萎缩性胃炎伴肠化诊断明确，建议定期复查胃镜，因为萎缩性胃炎伴肠化有发生不好变化的几率，复查胃镜的目的是可以发现早期的不好病变，必要时行内镜下治疗。