脚趾甲凹凸不平有横纹其实是两个症状：一个是凹凸不平，另一个是有横纹。横纹，横的凹下去一条线，也就是Beau线，以大脚趾最常见。大脚趾出现的Beau线与外伤有关系，一般是轻微外伤，比如运动较多，跑步、爬山，或者穿比较紧的鞋、指甲顶到了鞋引起的外伤。外伤引起Beau线时，甲母质的生长会受到影响引发横纹，是最常见的原因。
当然也有一些其他原因，比如合并其他疾病，合并趾甲银屑病，也可以出现横纹。如果所有脚趾甲都有横纹，或者不仅脚趾甲，还有手指甲，等于20个指甲都有横纹，这不是局部指甲的疾病，而是与身体整体的状态有关，比如比较严重的皮肤病。还可能是重症药疹后会出现指甲的横纹，严重时患者甚至还会出现指甲脱落，20个指甲都开始脱落，再长出新的指甲。
当然，还有一些病毒感染也可以，比如患手足口病后，手指甲、脚趾甲都开始有横纹，但一般是所有的指甲都会出现，属于系统疾病或者全身状态所导致，不是指甲局部的疾病。