精神病药常见的会出现椎体外系不良反应，包括急性肌张力障碍、震颤、帕金森综合征、静坐不能、迟发性的运动障碍等，主要与阻断多巴胺D2受体有密切关系。此外，还有代谢综合征，有体重增加、糖脂代谢异常，目前已经成为药物治疗过程中需要重视的问题。
抗精神病药常见不良反应严重影响了患者的治疗依从性，同时很大程度增加了患心血管疾病、糖尿病的风险，内分泌紊乱可以导致泌乳素升高、月经紊乱、性激素水平异常、性功能异常、高泌乳素血症。出现的心血管系统的不良反应会导致各种心律失常、高血压、低血压，还有比较严重的镇静作用，此种不良反应发生率超过10%。在第二代抗精神病药中氯氮平最为常见，奥氮平、喹硫平也比较明显，利培酮、阿立哌唑、齐拉西酮较少见到，还有流延，是氯氮平治疗过程中常见的一种不良反应，大约占60%以上，在睡眠过程中最为明显。除上述不良反应外，还有体温调节紊乱，下丘脑调节中枢也会受到影响，还可以出现抗胆碱能的作用，在治疗过程中可以出现口干、视物模糊、便秘、尿潴留，也可以出现肝功能的损害。恶性综合征是比较严重的副反应，还可以诱发癫痫大发作，以及出现血液系统的改变，抗精神病药可以诱发粒细胞减少，还可以导致猝死。
