高烧39℃不一定是新型冠状病毒肺炎，但也不能完全排除，先要询问患者是否有新型冠状病毒肺炎的接触史，以及是否有疫区、疫源等接触病史，还有是否接触过新型冠状病毒肺炎的患者。如果有明显的接触史，必须要到医院的发热门诊完善2019新型冠状病毒核酸检测及抗体检测，评估是否有新型冠状病毒肺炎。
如果患者无疫情的接触史，以及无新型冠状病毒肺炎病史的接触史，需要进一步除外有无合并感染。最常见的是肺部感染，需要进一步完善胸部CT检查，评估是否合并肺炎，询问患者的病史，有无尿频、尿痛、腹痛等症状，寻找感染原。如果考虑是非感染性发热，还需要进一步完善其他的相关辅助检查，如风湿免疫指标ANCA等。