胃肠功能紊乱是不太专业的说法，专业的说法应该是指功能性胃肠病。功能性胃肠病是经过各项检查，没有发现能够解释患者症状的器质性疾病，归纳为功能性胃肠病。这分为很多种，包括功能性消化不良、功能性腹胀、功能性腹痛等。这一类疾病病因比较复杂，包括患者精神心理因素、内脏感觉因素等。
在治疗上没有特效药，主要是经验性对症治疗，比方患者以腹胀、消化不良为主，可以给予帮助消化促进肠道蠕动的药物。患者如果以上腹痛为主，可以给予抑制胃酸分泌、保护胃黏膜的治疗。患者如果以腹泻、腹痛，甚至便秘为主，可以相应的给予通便以及调节肠道菌群、调节肠道蠕动治疗。