排尿时出现尿道疼痛，最常见于急性尿道炎、前列腺炎以及膀胱炎，治疗的方法通常是抗炎治疗，常用的抗生素有左氧氟沙星、头孢地尼、头孢克肟、磷霉素、阿奇霉素、米诺环素等等。这些药物都属于广谱抗菌素，因此对于常见的尿道感染即前列腺炎以及膀胱炎，都有比较好的治疗作用。疗程通常要根据症状以及化验来确定，大多数人3-5天的疗程就可以。
如果对于反复发作或者是疾病迁延不愈的患者，疗程应该适当延长到1-2周，同时应该做细菌学培养和药物敏感性试验，根据其结果及时调整抗生素的治疗。当然尿痛也不仅仅是限于急性尿道炎、膀胱炎以及前列腺炎，如果是输尿管结石、膀胱结石、膀胱肿瘤、前列腺癌、一部分无菌性前列腺炎、膀胱过度活动症、间质性膀胱炎等等，这些都有可能会导致排尿时尿道疼痛，所以在开始治疗之前应该做详细的化验和检查，以免混淆而造成误诊、误治，耽误其他的病情。