双肾结石的病因一方面与患者长期有慢性的感染存在有关，另一方面很可能也与外部因素比如温度、水质及饮食也有很大的关系，如果患者长期有慢性的感染存在，是容易得双肾结石的原因之一。长期患痛风、甲状旁腺功能亢进或者是长期卧床，以及一些药物的使用比如磺胺类药物、三聚氰胺、头孢曲松钠、硅酸镁等药物这些都会增加双肾结石患病的概率。平时应该注意大量喝水，尽量少吃富含草酸的食物，适量的补钙，注意高动物蛋白饮食的限制以及钠、盐的限制，高嘌呤食物最好也要禁止。
另外，外部因素的影响主要是环境，比如说炎热地区容易得结石，水质比较差的地区结石患病率高，整个地区如果以高动物蛋白饮食或者高脂肪饮食以及喜欢长期喝咖啡等等这些饮食习惯都会容易造成结石，而自身的因素主要是代谢异常，包括尿的酸碱度异常、高钙血症、高钙尿症、高草酸尿症、高尿酸尿症、胱氨酸尿症、低枸橼酸尿症、低镁尿症等等。