疱疹性咽峡炎属于病毒感染性疾病，首先要使用抗病毒的药物进行治疗，可以口服抗病毒药物，如蒲地蓝消炎口服液、清开灵颗粒等，对于缓解疱疹性咽峡炎有很好的效果，也可以采用开喉剑喷咽喉部，局部用药效果更好。
在治疗期间要注意让孩子多喝温开水，如果出现发热的情况，也要及时使用退热药物。如果咽峡炎导致咽喉肿痛，也可以口服消炎的药物，用于治疗合并细菌感染的咽峡炎，可以选择阿奇霉素、阿莫西林等。也要注意观察扁桃体是否有肿大，如果合并扁桃体肿大，反复发热，可以输液美洛西林、炎琥宁等药物治疗，对于缓解扁桃体肿大合并咽峡炎有很好的效果。