关节囊肿假如是膝关节的腘窝囊肿，手术治疗有两个方法可以去除，具体如下：
第一、传统的开放手术，通过膝关节后方做手术切口，进行直视下切除。
第二、目前比较流行的方法是关节镜下腘窝囊肿切除，通过膝关节前方做两个小切口，将关节镜头直接插入到后内侧间隙，进行后关节囊的打开实现内引流，同时切除囊壁组织。关节镜下切除腘窝囊肿创伤是非常小的，而且恢复也很快，也可以避免开放手术引起的腘窝血管神经束的牵拉，大大降低了下肢深静脉血栓的发生几率。