灌肠的危害是比较小的，出现危害多数是由于操作不当引起来的，比如操作不当引起肠道穿孔、出血，这个是比较严重的危害，所以做灌肠的时候需要患者配合，由熟练的护士操作灌肠。灌肠的时候可能会肚子有不舒服的感觉，灌肠后大便次数增多，会将肠道内的食物残渣全部排除，甚至可能会有小肠液也会随之排出。
导致暂时消化功能比较差，营养吸收少，但这些基本上只是暂时性的，等到灌肠后恢复正常饮食，基本上可以恢复正常。所以严格按医师要求去做好灌肠前的肠道准备，术后按医嘱交代饮食，一般没有明显的危害。