宝宝打预防针以后如果出现发烧39℃，要观察孩子除了发热之外还有没有其它的不适症状，比如孩子有没有恶心、呕吐、咳嗽、流涕或者精神状态不好等等。如果有这些症状，应该孩子出现了一个疾病的状态。给孩子做温度的处理，可以适当的给他进行物理降温。比方说可以少穿衣物，多喝温热的水。如果体温还是不能下降，可以给予适当的服用退热药。3个月以上的宝宝可以服用对乙酰氨基酚和布洛芬类的儿童退热药，可以达到退热的作用。
这些办法处理之后还是没有完全缓解，应该到医院进一步就诊。因为预防针之后的反应最多应该在38℃左右，如果出现39℃应该是疾病的状态。尤其是打了预防针之后，有些药物服用之后可能会影响预防针的效果。但是如果不积极治疗，有可能本身39℃的发热引起的病因会加重。所以在这种情况下，在家里自行处理不能缓解时，建议宝宝如果打了预防针发烧39℃，应该到医院由医生进一步检查，明确诊断，进一步的治疗。