由于在核磁共振检查的过程中梯度在不断变化，仪器的零件也会发出一定的声响，所以会产生一定的噪音，噪音的强度一般在50dB左右，强度的大小根据仪器型号的不同会有所差异。
虽然它会对人的耳部产生一定的不适感，但是一般在检查之后很快就会消失，不会对人体产生永久性的损伤，而且这种不适通常可以预防。
在做检查之前核磁共振室的医生会为患者交代机器有噪音的情况，让患者有心理准备，还可以准备棉花或者是专用的耳塞来预防噪音对人体的影响，所以患者不必太担心。